Ủy ban có cơ sở chủ yếu ở Bruxelles, với văn phòng của chủ tịch và phòng họp của ủy ban ở tầng lầu 13 trong tòa nhà Berlaymont. Ủy ban cũng hoạt động tại các trụ sở bên ngoài thành phố Bruxelles và ở thành phố Luxembourg.[2][40] Khi Nghị viện châu Âu họp ở Strasbourg, các ủy viên Ủy ban châu Âu cũng tới đây họp tại trụ sở của Nghị viện trong tòa nhà gọi là tòa nhà Winston Churchill để dự các cuộc thảo luận của Nghị viện.[41] Ủy ban chia thành các ban như Nha Tổng giám đốc (DGs) có thể giống như các Nha hoặc Bộ. Mỗi Nha phụ trách một lãnh vực chính sách riêng, chẳng hạn Quan hệ đối ngoại, và do Tổng giám đốc đứng đầu, chịu trách nhiệm trước ủy viên Ủy ban châu Âu. Một Bộ của một ủy viên có thể được nhiều Nha Tổng giám đốc trợ giúp. Các Nha này chuẩn bị các đề nghị cho ủy viên và nếu được chấp thuận, thì sẽ đệ trình lên Nghị viện và Hội đồng để cứu xét.[2][42]

Theo các con số do Ủy ban ấn hành, thì tháng 4/2007 Ủy ban sử dụng 23.043 nhân viên chính thức và tạm thời. Ngoài ra, còn 9.019 nhân viên hợp đồng nữa. Tổng Nha lớn nhất là Tổng nha Dịch thuật, với biên chế 2.186 nhân viên, trong khi nhóm nhân viên lớn nhất tính theo quốc tịch là người Bỉ (21.4%).[43] Các nhân viên phục vụ trong Ủy ban do Nha Tổng thư ký của Ủy ban điều khiển, hiện nay bà Catherine Day làm Tổng thư ký.[22]